临床药学科成立于2011年1月，现为山东省医学会临床药学分会候任主任委员和合理用药学组组长单位、国家肿瘤质控中心药事质控专家委员会成员单位，济宁市医学会临床药学分会主任委员单位，是中华医学会临床药师师资培训中心和国家临床药师培训基地。
临床药学科设有临床药师办公室、临床药师培训基地、临床药学研究转化实验室、国家药物及医疗器械临床试验机构办公室和I期临床研究中心。科室现有职工61人，目前已完成临床药师规范化培训的药师14人，取得带教师资资格的8人，在呼吸科、肿瘤科、心内科、消化内科、内分泌科、神经内科、妇产科、中医科等科室全职参加所在病区的药物治疗工作，参加全院危重患者病历讨论及院内院外会诊，开展以病人为中心的临床药学服务，已成为治疗团队不可缺少的成员，形成了规范化的临床药师工作体制。
临床药学科成立以来，已为来自全国各省市二级以上医院培养出近百名临床药师以及带教老师；临床药师参与医院临床用药质控工作，在国内首先创立的抗菌药物临床应用质量控制体系，获国家卫生计生委医政医管局发起的“改善医疗服务行动全国医院擂台赛”规范临床诊疗全国十佳价值案例奖、中国医药教育协会2018年科技创新三等奖。
山东省医学会临床药学研究转化中心由我院与山东省医学会合作共建，聚焦药学创新成果落地转化，从临床需求出发，通过质谱分析、小分子合成、试剂盒开发、分子影像等手段，实现成果的落地与转化，最终解决临床难题，搭建起一条“临床-科研-成果”转化的桥梁。实验室现占地1000余平方米，拥有标准的先导化合物合成分析、细胞培养、PCR实验室和质谱分析室。拥有AB SCIEX 4500MD液质联用分析系统、影睿光学Series Ⅲ900/1700小动物成像仪、实时荧光定量PCR仪等高端研发设备1000万元以上。现已建立起一支由泰山学者领衔涵盖20余名博士硕士搭配合理、分工明确、专业互补的科研人才梯队，涵盖分子药理学、细胞生物学、药物化学、分析化学以及分子影像学等多学科，现已能够完成从遗传突变分析到基础药理及药物分析，再到计算机辅助药物设计和先导化合物合成，以及分子探针设计的一系列科研工作，打造了拥有核心创新能力与优势互补的药学团队。
我院国家药物及器械临床试验机构于2012年6月开始组建。并于2014年5月获得原国家食品药品监督管理总局资格认定证书，认定专业：呼吸内科、神经内科、心血管内科、内分泌科、免疫科、肿瘤科、泌尿外科专业。2018年1月通过药物临床试验机构复核认定。2019年1月29日完成医疗器械临床试验机构备案。2020年11月28日完成药物临床试验机构备案。临床试验机构目前共备案的药物临床试验专业共10个，包括：呼吸内科专业、神经内科专业、心血管内科专业、内分泌专业、免疫学专业、泌尿外科专业、肿瘤科专业、消化内科、I期临床研究中心-药物Ⅰ期临床试验专业及生物等效性专业、血液内科专业。医疗器械临床试验专业共16个，包括：呼吸内科专业、烧伤外科、神经内科专业、医疗美容科、心血管内科专业、康复医学科、内分泌专业、血管外科、免疫学专业、泌尿外科专业、肿瘤科专业、消化内科、医学检验科-临床细胞分子遗传学专业、医学影像科-介入放射学专业、医学影像科-放射治疗专业、心脏大血管外科专业。为加强药物/医疗器械临床试验管理工作，我院设有药物/医疗器械临床试验机构及机构办公室，统筹药物/医疗器械/体外诊断试剂临床试验的立项管理、试验用药品、医疗器械、体外诊断试剂、生物样本管理、档案管理、质量管理等工作。目前机构共有工作人员15名，分别为机构主任、机构常务副主任、机构办公室主任、机构办公室秘书、质控员、药物/器械管理员、资料管理员等。2019年开始筹备和建设I期临床研究中心，并于2021年7月15日完成资质备案。I期临床研究中心位于医院西院区，占地面积约2000平方米，分为7楼筛选区及16楼试验区。7楼筛选区占地面积约500平方米，设有受试者接待室、宣教室、知情同意室、心电图室、采血室等功能室。16楼试验区占地面积约1500平方米，现有研究病床52张；抢救室2张抢救床位，设有多功能活动室、样本处理室、样本储藏室，药物储存室、档案室、监控室、CRA/CRC办公室等功能室。
截至2022年11月，我院国家药物及医疗器械临床试验机构承接临床试验项目共118项，其中药物临床试验项目96项，医疗器械临床试验22项，涉及研究经费3500余万元。
临床药学科已获承担国家自然科学基金 9 项、山东省自然科学基金 12 项、山东省泰山学者青年专家项目 2 项及厅局级课题 15 项，以第一或通讯作者共发表SCI论文100余篇，被引3000余次，申报专利10余项，已完成三项成果转化共计400万元。
经过多年发展，临床药学科已成为集临床药学、教学、科研为一体的科室，先后获得全国合理用药示范基地、全国优秀临床药师、济宁医学院优秀科研团队等荣誉。
